Научно приложните изследвания и технологичните разработки за 2009 г. са фокусирани в следните направления:
методи за виртуално моделиране хидродинамиката на плаващи и закотвени морски обекти и на процесите в бреговата зона, основно с използване на лицензирани специализирани програмни продукти;
нови методи за изследване и оптимизация на хидродинамичните качества на съвременни морски транспортни средства, в това число: технически средства за усвояване ресурсите на океана, многокорпусни плавателни съдове, специализирани изследователски кораби и др.;
морски възобновяеми енергийни източници – проблеми и възможности за реализация;
влияние на ограничения фарватер върху хидродинамичните характеристики на кораби и състави за плаване по вътрешни водни пътища, включително по р.Дунав;
хидродинамична оптимизация на ходовите качества на яхти и ветроходни кораби - реализация на съвместни проекти;
актуализиране на експерименталните методики за хидродинамични изследвания и анализ на качеството на научния експеримент съгласно изискванията на Международната конференция на опитните басейни ITTC ;
реконструкция и модернизация на експериментални съоръжения (плитководен басейн, аеродинамична тръба, маневрено-мореходен басейн) и техническо оборудване, внедряване на нови експериментални средства, осъвременяване на машинния парк;
изграждане и развитие на научноизследователска и учебна аеродинамична лаборатория и прототип на тренажор за речно корабоплаване;
унифициране на автоматизираните измервателни системи и софтуера в експерименталните съоръжения на Института и методите за сбор и обработка на данните и за управление на експеримента;
разработване и сертифициране на система за управление на качеството на Института с всички произтичащи от това предварителни действия за разработване и регламентиране на липсващи, но необходими процедури и документи;
разработване на предложения, подготовка и реализация на спечелени конкурсни проекти в областта на мор с ките науки и технологии, финансирани от МОН, ЕК, по двустранни спогодби на РБългария и др.;
използване на утвърдени и нови съвременни форми за развитие и квалификация на наличния човешки потенциал и за привличане на млади хора за работа и обучение в Института.